Мечты Александра Чекановского сбылись. В Азию он попал, но совер­шенно не туда, куда хотел, и не по своей воле.

В Польше, бывшей частью Рос­сийской империи, давно назревало национально-освободительное дви­жение за отделение Польши от Рос­сии. Это движение вылилось в 1863 г. в польское восстание, участником ко­торого стал и Александр Чекановский. Правительство подавило восстание, его руководители были казнены, а ты­сячи участников сосланы в Сибирь, на каторгу. Среди них был и Чеканов­ский.

Тысячи верст прошагали осужден­ное до Забайкалья.  По пути партия каторжан понемногу уменьшалась, оставляя в тюрьмах заболевших или умерших. Только Чекановский как бы продолжал свою научную экспедицию. Из осколка графина он выточил линзу и пользовался ею для опреде­ления насекомых, которых тщательно собирал в пути. Он привык и к труд­ностям. Его общительный, неунываю­щий характер во многом скрашивал быт «путешественников». И все же Чекановский не выдержал, заболел брюшным тифом. Такая болезнь в то время верная смерть, но только не для натренированного организма Александра. К удивлению томских тюремщиков, он не только выжил, но и оказался пригодным к дальнейшему походу в определенную ему каторгу, в Забайкалье.

На этапе Чекановский подружился с Иваном Дементьевичем Черским, также сосланным за участие в польском восстании. Чекановский за­разил его своим интересом к природознанию. Эта дружба подарила русской науке еще одного выдающегося уче­ного и путешественника. Черский стал одним из первых палеонтологов Рос­сии, исследователем Байкала, Саян, Верхоянского нагорья.

В 1866 г. Чекановский попал в отдаленный таежный поселок Падун на Ангаре. Условия жизни здесь были тяжелые. Ссыльные жили в землянке, которая освещалась лучиной, дрова на зиму приходилось носить издалека.

Даже в таких суровых условиях, постоянно голодный и страдающий от холода, Чекановский не прекращал исследовательской работы. Он собрал, описал и зарисовал 69 видов грибов, наладил   регулярные   метеонаблюдения, а свои соображения по климату писал на немецком языке. Его выводы были первыми для этого района. Чекановский убедился, что воздушные массы переносятся в восточном на­правлении в высоких слоях атмосфе­ры, а местная циркуляция их зависит от рельефа. Эти данные и основные выводы вошли в труды более поздних климатологов. Постоянно велись бота­нические наблюдения. Чекановский детально описал геологическое строе­ние долины Ангары между Падуном и Братским острогом и первым из геологов охарактеризовал магмати­ческие породы дибазы и базальты, назвав их траппами. Обладая образ­ностью мышления, он сравнил формы выветривания этих кристаллических пород с лестницей — судовыми тра­пами. Так и вошло в научную ли­тературу это название. Наблюдения Чекановского касались и грунтовых вод, и грунтов с многолетней мерзло­той.